Trung tâm Lưu ký Chứng khoán được thành lập theo Quyết định số 189/2005/QĐ-TTg ngày 27/7/2005 của Thủ tướng Chính phủ, là đơn vị sự nghiệp có thu. Ngày 18/12/2008, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 171/2008/QĐ-TTg về việc thành lập Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam (VSD) trên cơ sở chuyển đổi, tổ chức lại Trung tâm Lưu ký Chứng khoán và chuyển đổi mô hình tổ chức hoạt động sang mô hình Công ty TNHH Nhà nước một thành viên thuộc sở hữu Nhà nước. Năm 2019, theo quy định của Luật Chứng khoán năm 2019, VSD sẽ chuyển đổi thành Tổng Công ty Lưu ký và Bù trừ Chứng khoán Việt Nam trong thời hạn 02 năm kể từ ngày Luật này có hiệu lực thi hành.
VSD có chức năng cung cấp dịch vụ đăng ký, lưu ký, bù trừ và thanh toán chứng khoán cho các chứng khoán niêm yết, đăng ký giao dịch, chứng khoán phái sinh (CKPS) trên Sở Giao dịch Chứng khoán (SGDCK) và chứng khoán của công ty đại chúng khác, các dịch vụ liên quan đến hỗ trợ giao dịch chứng khoán phù hợp với quy định của pháp luật; trong đó hoạt động bù trừ, thanh toán giao dịch chứng khoán được xem là một trong những hoạt động then chốt ảnh hưởng đến sự vận hành an toàn, hiệu quả, thông suốt của toàn bộ thị trường chứng khoán (TTCK) Việt Nam.
Hoạt động bù trừ, thanh toán giao dịch chứng khoán tại VSD trong giai đoạn 2010 - 2020
Hoạt động bù trừ, thanh toán là bước thực hiện cuối cùng để hoàn tất quá trình giao dịch chứng khoán. Để thực hiện bù trừ, thanh toán giao dịch, toàn bộ dữ liệu về kết quả giao dịch chứng khoán của các SGDCK được chuyển sang VSD sau khi kết thúc phiên giao dịch để thực hiện bù trừ thanh toán.
Trong giai đoạn 2010 - 2020, VSD đã nỗ lực không ngừng cải thiện năng lực hệ thống cũng như áp dụng các thông lệ và chuẩn mực quốc tế, đảm bảo hoạt động bù trừ và thanh toán cho các giao dịch chứng khoán trên TTCK được thực hiện an toàn, thông suốt, đúng thời gian, đáp ứng quy mô ngày càng mở rộng của thị trường, cụ thể:
Thứ nhất, về cơ cấu lại hệ thống bù trừ thanh toán chứng khoán theo hướng:
 (i) Về hoạt động bù trừ thanh toán trên thị trường cơ sở:
- Đối với giao dịch trái phiếu công ty, VSD thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán là T+1; giao dịch cổ phiếu, chứng chỉ quỹ (CCQ): VSD thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán T+2. Ngân hàng quyết toán cho các giao dịch cổ phiếu, CCQ, trái phiếu công ty là Ngân hàng Thương mại (NHTM) Cổ phần Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV).
- Đối với giao dịch trái phiếu Chính phủ (TPCP): VSD thực hiện thanh toán trực tiếp theo từng giao dịch với thời gian thanh toán là T+1. Ngân hàng quyết toán cho các giao dịch này là Ngân hàng Nhà nước (NHNN).
(ii) Về hoạt động bù trừ thanh toán trên thị trường phái sinh:
- Đối với thanh toán lỗ lãi vị thế hàng ngày của các loại hợp đồng tương lai (HĐTL) và thanh toán thực hiện HĐTL chỉ số cổ phiếu: VSD sẽ tính toán, xác định nghĩa vụ thanh toán ròng bằng tiền theo tài khoản của nhà đầu tư, thành viên bù trừ (TVBT) và thông báo cho Ngân hàng thanh toán (NHTM Cổ phần Công thương Việt Nam) thực hiện thanh toán theo thời gian T+1.
 - Đối với thanh toán thực hiện HĐTL TPCP: VSD xác định nghĩa vụ thanh toán tiền ròng theo TVBT và nghĩa vụ chuyển giao chứng khoán dựa trên kết quả phân bổ trái phiếu chuyển giao vào ngày T+2 và thực hiện thanh toán vào ngày T+3.
Thứ hai, đổi mới hoạt động thanh toán trên TTCK cơ sở theo thông lệ quốc tế:
Trải qua hơn 10 năm đồng hành cùng sự phát triển của TTCK Việt Nam, trong giai đoạn 2011 - 2020, cùng với việc cơ cấu lại hệ thống bù trừ, thanh toán, VSD đã cải tiến các khâu trong hoạt động xử lý thanh toán chứng khoán, đảm bảo thực hiện an toàn, thông suốt, đúng thời gian, cụ thể: (i) thực hiện áp dụng cơ chế lùi thời hạn thanh toán đối với các giao dịch cổ phiếu, CCQ tạm thời mất khả năng thanh toán tiền/chứng khoán nhằm cho phép thành viên có thêm thời gian để khắc phục, hạn chế tối đa để xảy ra các trường hợp phải loại bỏ không thanh toán năm 2015; (ii) triển khai thành công việc rút ngắn quy trình thanh toán giao dịch chứng khoán cho cổ phiếu, CCQ về 16h30 phút ngày T+2 năm 2016; (iii) triển khai thành công hoạt động chuyển chức năng thanh toán tiền giao dịch TPCP từ NHTM sang NHNN từ ngày 01/8/2017.
Nhờ đó, trong giai đoạn 2010 - 2020, VSD đã tổ chức hoạt động thanh toán an toàn và kịp thời cho các giao dịch chứng khoán với tổng giá trị tiền thanh toán đạt 23.402.327 tỷ đồng. Riêng trong năm 2020 đạt 4.237.952 tỷ đồng, tăng gấp 9 lần so với năm 2010 (xem Biểu đồ 1).
Thứ ba, thực hiện bù trừ thanh toán cho các giao dịch trên TTCK phái sinh:
Ngày từ khi bắt đầu triển khai TTCK phái sinh, VSD đã thiết lập cơ chế đối tác thanh toán trung tâm (CCP) cho các giao dịch CKPS với hai sản phẩm là HĐTL chỉ số cổ phiếu VN30 từ ngày 10/8/2017 và HĐTL TPCP từ ngày 04/7/2019.
Qua hơn 3 năm đi vào hoạt động, hoạt động bù trừ thanh toán CKPS qua VSD đã đạt được những kết quả hết sức khả quan, từ đó cho thấy sự phát triển ổn định của thị trường bậc cao này. Hoạt động bù trừ, thanh toán được thực hiện an toàn, thông suốt, không để xảy ra tình trạng nhà đầu tư, TVBT mất khả năng thanh toán; hệ thống bù trừ, thanh toán chứng khoán phái sinh được xây dựng theo hướng hiện đại, có tính tự động cao, có kết nối liên thông và xử lý tức thời giao dịch với hệ thống của SGDCK Hà Nội (HNX), TVBT và ngân hàng thanh toán; Trong thời gian qua, kết nối giữa hệ thống VSD với các bên liên quan về cơ bản đã được đảm bảo liên tục, thông suốt, không xảy ra hiện tượng gián đoạn thông tin và chuẩn xác về thời gian, quy trình. Tính đến đến hết năm 2020, số lượng tài khoản ký quỹ đăng ký trên hệ thống VSD là 171.973 tài khoản, tăng gấp 10 lần so với cuối năm 2017, năm đầu tiên khai trương TTCK phái sinh; tổng giá trị thanh toán qua VSD từ ngày 10/8/2017 đến hết năm 2020 đạt 9.435 tỷ đồng. Riêng năm 2020 đạt 4.750 tỷ đồng, tăng gấp 11 lần so với cuối năm 2017. Số lượng thành viên bù trừ đã tăng từ 7 thành viên tham gia giai đoạn đầu lên 20 thành viên đến hết năm 2020 (xem Biểu đồ 2).
Bên cạnh đó, với vai trò là tổ chức duy nhất thực hiện chức năng bù trừ, thanh toán cho TTCK Việt Nam, VSD đã không ngừng nghiên cứu thông lệ quốc tế cũng như thông qua thực tế cung cấp dịch vụ để đề xuất cơ quan quản lý tiến hành sửa đổi, bổ sung, điều chỉnh về mặt cơ chế chính sách, trong đó có Luật Chứng khoán năm 2019, các văn bản hướng dẫn Luật như Nghị định 155/2020/NĐ-CP, Nghị định 158/2020/NĐ-CP, Thông tư 119/2020/TT-BTC...  với nhiều nội dung lớn liên quan đến hoạt động hỗ trợ giao dịch nói chung và bù trừ, thanh toán nói riêng, góp phần quan trọng cho sự phát triển mang tính dài hạn của TTCK.
Mặc dù có được những thành tựu trên, song hoạt động bù trừ, thanh toán giao dịch chứng khoán trên TTCK cơ sở và TTCK phái sinh giai đoạn 2010 -2020 còn có một số hạn chế sau:
+ Đối với TTCK cơ sở: (i) chưa thiết lập được cơ chế đối tác bù trừ trung tâm (CCP) cho TTCK cơ sở; (ii) giao dịch bán chứng khoán chờ về là một trong những cơ chế giao dịch mới của thị trường được quy định tại Thông tư 120/2020/TT-BTC thay thế Thông tư 203/2015/TT-BTC về hướng dẫn giao dịch trên TTCK. Tuy nhiên, hiện những quy định này vẫn chưa được triển khai áp dụng do hệ thống công nghệ thông tin mới trong khuôn khổ dự án gói thầu “thiết kế, giải pháp cung cấp lắp đặt, chuyển giao hệ thống công nghệ thông tin” do SGDCK Tp. Hồ Chí Minh làm chủ đầu tư chưa hoàn thành và đưa vào sử dụng.
+ Đối với TTCK phái sinh: sản phẩm của thị trường còn chưa đa dạng, cơ cấu nhà đầu tư còn thiếu tính cân bằng khi nhà đầu tư cá nhân chiếm đến hơn 99% tổng số nhà đầu tư trên thị trường. Điều này cũng dẫn đến giao dịch của thị trường còn thiên về hoạt động đầu cơ, tìm kiếm lợi nhuận trong ngày.
Định hướng chiến lược hoạt động bù trừ, thanh toán chứng khoán trên TTCK Việt Nam giai đoạn 2021 - 2030
Thực hiện triển khai Luật Chứng khoán năm 2019 và các giải pháp cơ cấu lại TTCK theo Quyết định số 242/QĐ-TTg ngày 28/02/2019 của Thủ tướng Chính phủ; lộ trình phát triển thị trường trái phiếu Việt Nam giai đoạn 2017 - 2020, tầm nhìn đến năm 2030 và dự thảo Đề án chiến lược phát triển TTCK Việt Nam giai đoạn 2021 - 2030 đã được VSD nghiên cứu đề xuất với cơ quan quản lý. VSD sẽ tập trung triển khai nghiên cứu, phát triển, nâng cao hiệu quả quản trị rủi ro, đảm bảo an toàn, thông suốt cho hoạt động bù trừ thanh toán giao dịch trên TTCK ở cả ngắn hạn và dài hạn nhằm phù hợp với sự phát triển chung của TTCK và phù hợp với thông lệ của quốc tế theo hướng sau:
Thứ nhất, đối với TTCK cơ sở
- VSD sẽ triển khai hoạt động bù trừ, thanh toán chứng khoán cơ sở theo cơ chế CCP. Với mô hình này, VSD sẽ thiết lập nhiều lớp phòng vệ rủi ro cho TTCK cơ sở phù hợp với thông lệ chung và quy định pháp lý hiện hành, từ đó thu hút được sự quan tâm của nhà đầu tư trong và ngoài nước cũng như tạo tâm lý yên tâm và bảo vệ quyền lợi cho nhà đầu tư khi tham gia thị trường. Bên cạnh đó, thông qua cơ chế ký quỹ khi triển khai mô hình CCP cho phép TVBT được quyết định mức thu ký quỹ đối với nhà đầu tư căn cứ vào kết quả đánh giá tín nhiệm, từ đó sẽ giải quyết được vấn đề cơ chế ký quỹ trước (prefunding)¹, giúp cho thị trường được nâng hạng và gia tăng thanh khoản. Đồng thời với việc triển khai cơ chế CCP, VSD cũng sẽ tiến hành phân loại, cơ cấu lại hệ thống thành viên dựa trên tiêu chí về năng lực tài chính, khả năng quản trị rủi ro và nhu cầu để sắp xếp vào các khu vực thị trường chuyên biệt với cơ chế bù trừ, thanh toán khác nhau, trong đó các TVBT phải đáp ứng điều kiện và tiêu chuẩn thành viên chặt chẽ hơn, cao hơn về vốn, quản trị rủi ro do tính chất rủi ro và yêu cầu trách nhiệm cao hơn của cơ chế thanh toán này.
- VSD sẽ nghiên cứu để triển khai một số nghiệp vụ quan trọng của thị trường như: (i) Nghiên cứu việc chuyển chức năng thanh toán tiền đối với trái phiếu công ty, cổ phiếu từ NHTM sang NHNN theo chỉ đạo của cơ quan quản lý; (ii) Áp dụng cơ chế giao dịch trong ngày và tiến tới cho phép bán chứng khoán trên tài khoản chờ về;
(iii) Liên kết với các tổ chức lưu ký, bù trừ thanh toán khu vực để cung cấp các dịch vụ lưu ký, đăng ký, bù trừ thanh toán thực hiện quyền cho các giao dịch xuyên biên giới, hỗ trợ cho nhu cầu giao dịch, đầu tư của nhà đầu tư giữa các thị trường có liên kết.
Thứ hai, đối với TTCK phái sinh
- VSD sẽ tiếp tục phối hợp với HNX nghiên cứu phát triển các sản phẩm phái sinh mới phù hợp với thông lệ, nhu cầu của nhà đầu tư cũng như khả năng đáp ứng của hệ thống như sản phẩm HĐTL cổ phiếu riêng lẻ, Hợp đồng quyền chọn... đồng thời qua quá trình vận hành thực tế cũng sẽ theo dõi, đánh giá để báo cáo cơ quan quản lý xem xét điều chỉnh nội dung thiết kế sản phẩm cho phù hợp với lộ trình phát triển thị trường đã được phê duyệt. Trước mắt trong năm 2021, VSD sẽ phối hợp với HNX triển khai sản phẩm HĐTL TPCP kỳ hạn 10 năm bên cạnh sản phẩm HĐTL TPCP 5 năm để đáp ứng tốt hơn nhu cầu của thị trường, đồng thời tiếp tục nghiên cứu triển khai sản phẩm HĐTL trên bộ chỉ số mới (ngoài VN30) và dài hạn hơn nữa là tiến tới triển khai các dịch vụ bù trừ, thanh toán theo mô hình CCP cho các sản phẩm phái sinh chứng khoán khác theo quy định của Chính phủ...
- VSD tiếp tục nghiên cứu hoàn thiện về mặt cơ chế, chính sách liên quan đến hoạt động bù trừ, thanh toán, đảm bảo phù hợp với Luật Chứng khoán 2019 và thực tiễn thị trường cũng như nhu cầu của nhà đầu tư. VSD cũng tham gia nghiên cứu đề xuất với Ủy ban Chứng khoán Nhà nước xem xét trình Bộ Tài chính ban hành cơ chế chính sách khuyến khích nhà đầu tư tổ chức, nhà đầu tư chứng khoán chuyên nghiệp tham gia vào TTCK phái sinh, đồng thời nâng cao yêu cầu về trình độ, năng lực kinh nghiệm của nhà đầu tư cá nhân khi tham gia TTCK phái sinh để giúp cho thị trường phát triển bền vững hơn.
Việc thực hiện cải cách hệ thống bù trừ, thanh toán theo các định hướng chiến lược trên đây trong giai đoạn 2021 - 2030 chắc chắn sẽ giúp hoạt động bù trừ, thanh toán giao dịch chứng khoán của Việt Nam ngày càng hiệu quả và tiệm cận với thông lệ tốt nhất của quốc tế, để không chỉ hỗ trợ thiết thực cho các giao dịch trong nước mà còn hướng tới thực hiện hỗ trợ cho các giao dịch xuyên biên giới, góp phần không nhỏ vào việc nâng hạng thị trường, nâng cao vị thế của TTCK Việt Nam trong khu vực và trên thế giới.