BÙ TRỪ VÀ THANH TOÁN 
Bù  trừ và thanh toán là bước thực hiện cuối cùng để hoàn tất quá trình giao dịch chứng khoán. Để thực hiện bù trừ và thanh toán giao dịch, toàn bộ dữ liệu về kết quả giao dịch chứng khoán của các Sở giao dịch chứng khoán (SGDCK) được chuyển sang Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam (VSD) sau khi kết thúc phiên giao dịch. Việc bù trừ tiền được VSD thực hiện cho từng thành viên trên cơ sở bù trừ chung giữa số tiền được nhận và số tiền phải trả cho các giao dịch có cùng ngày giao dịch tại các SGDCK, cùng ngày thanh toán và tách biệt theo tài khoản của khách hàng trong nước, khách hàng nước ngoài và của chính thành viên.
VSD áp dụng các phương thức bù trừ và thanh toán dưới đây cho các giao dịch chứng khoán:
- Đối với giao dịch trái phiếu công ty: VSD thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán là T+1.
- Đối với giao dịch cổ phiếu, chứng chỉ quỹ: VSD thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ  đa phương với thời gian thanh toán T+2.
- Đối với giao dịch trái phiếu Chính phủ: VSD thực hiện thanh toán theo từng giao dịch với thời gian thanh toán là T+1
Việc thanh toán giao dịch chứng khoán được thực hiện theo nguyên tắc:
- VSD thực hiện thực hiện thanh toán chứng khoán theo hình thức chuyển giao ghi sổ thông qua hệ thống tài khoản lưu ký của thành viên lưu ký bên mua và bán đồng thời điều chỉnh thông tin sở hữu tài khoản của người đầu tư mua và người đầu tư bán; Ngân hàng thanh toán (Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam) thực hiện thanh toán tiền theo kết quả bù trừ tiền của VSD thông qua hệ thống tài khoản tiền của các thành viên lưu ký mở tại Ngân hàng thanh toán.
- Thanh toán giao dịch chứng khoán được thực hiện theo nguyên tắc: việc chuyển giao chứng khoán tại VSD diễn ra chắc chắn và đồng thời với việc chuyển tiền tại Ngân hàng thanh toán (nguyên tắc DVP - Delivery Versus Payment). Cơ chế thanh toán giao dịch DVP cho phép các bên tham gia giao dịch loại bỏ được các rủi ro về thanh toán, theo đó, bên mua và bán phải có đủ tiền và chứng khoán để đảm bảo khả năng thanh toán giao dịch chứng khoán.
Trình tự và thủ tục thanh toán bù trừ chứng khoán được quy định cụ thể tại Quy chế hoạt động bù trừ thanh toán chứng khoán ban hành kèm theo Quyết định số 211/QĐ-VSD ngày 18/12/2015 của Tổng Giám đốc VSD.
Các quyết định xem tạị mục Pháp Lý trên website VSD, cụ thể:
Quyết định số 211/QĐ-VSD
Quyết định số 136/QĐ-VSD
Các Quy trình thủ tục
Sửa lỗi sau giao dịch của thành viên lưu ký
Xử lý lỗi giao dịch tự doanh
Hoạt động bù trừ, thanh toán chứng khoán phái sinh (CKPS) được Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam (VSD) thực hiện thông qua cơ chế đối tác bù trừ trung tâm (Central Counterparty). Theo cơ chế này, VSD tham gia vào giao dịch để trở thành người bán của mọi người mua, trở thành người mua của mọi người bán trong giao dịch gốc ban đầu và thông qua đó thực hiện nghĩa vụ bảo lãnh thanh toán cho thị trường. Trong trường hợp một đối tác trong giao dịch gốc ban đầu mất khả năng thanh toán thì VSD sẽ chịu trách nhiệm thanh toán cho bên còn lại.
Để thực hiện chức năng bảo lãnh thanh toán cho thị trường, VSD yêu cầu nhà đầu tư, Thành viên bù trừ (TVBT) nộp ký quỹ trước khi giao dịch, đồng thời để đáp ứng cơ chế quản lý rủi ro đối với hoạt động bù trừ, thanh toán CKPS, trong phiên giao dịch, VSD sẽ thường xuyên tiến hành tính toán, giám sát tỷ lệ sử dụng tài sản ký quỹ (Giá trị ký quỹ yêu cầu/Giá trị tài sản ký quỹ hợp lệ) để có biện pháp xử lý phù hợp.
VSD áp dụng các hình thức bù trừ, thanh toán sau:
 - Đối với thanh toán lỗ lãi vị thế hàng ngày của các loại HĐTL và thanh toán thực hiện HĐTL chỉ số cổ phiếu: VSD sẽ tính toán, xác định nghĩa vụ thanh toán ròng bằng tiền theo tài khoản của nhà đầu tư, TVBT và thông báo cho Ngân hàng thanh toán (Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam) thực hiện thanh toán theo thời gian T+1.
 - Đối với thanh toán thực hiện HĐTL trái phiếu Chính phủ: VSD xác định nghĩa vụ thanh toán tiền ròng theo TVBT và nghĩa vụ chuyển giao chứng khoán dựa trên kết quả phân bổ trái phiếu chuyển giao vào ngày T+2 và thực hiện thanh toán vào ngày T+3.
Tại ngày thanh toán, VSD thực hiện chuyển số trái phiếu Chính phủ phải giao của bên bán sang tài khoản thanh toán bù trừ chứng khoán của VSD, tiếp đó, chuyển số trái phiếu được phân bổ vào tài khoản chứng khoán lưu ký của bên mua. Ngân hàng thanh toán (Ngân hàng TMCP Công thương Việt Nam) thực hiện thanh toán tiền theo kết quả bù trừ tiền của VSD.
Các quyết định xem tại mục Pháp lý trên website VSD, cụ thể:
Quyết định số 95/QĐ-VSD
Quyết định số 96/QĐ-VSD
Quyết định số 97/QĐ-VSD